医学家恽铁樵，在其着作《群经见智录》中专门撰文批判了余云岫的观点。
王玉川教授的老师，陆渊雷也不甘示弱，在报纸上与其针锋相对。
这一次，余云岫开始在反中医战线上崭露头角。
这事儿因为他影响力不够，宣告破产。
随后他又像是转了性子。
1925年，余云岫受邀参加远东热带病学会议。
在会上，他以实际案例证明中医在某些疾病的诊断和治疗方面具有独特优势。
指出，唐代医书《崔氏别录》中关于瘰癧与肺痨的记载，比西方医学早了一千多年，这一观点引起了与会专家的极大兴趣。
这时候他像是重新认可的中医。
但是在同年，中国教育界先后在长沙丶太原召开会议，通过了相关议案，决定将中医纳入学校体制中。
此事报请教育部批准时，余云岫却突然杀出，联合多人上书教育部，坚决抵制。
当时教育部以此为藉口，断然拒绝了中医进入大学学科体系的要求。
中医界多年努力功亏一篑，此后中西医界之关系迅速恶化，两大阵营间水火之势渐成。
真正让他为众人所熟知的，是在几年后的一次会议上。
民国十八年召开第一届中央卫生委员会会议，在会议前，余云岫就起草了《废止旧医以扫除卫生事业障碍案》。
余云岫对废止中医之理由丶原则及具体办法作了明确规定，他认为中医在卫生行政上毫无地位，应当立即废止。
其举出四条废止的理由，这四条理由余氏之结论为：「旧医一日不除，民众思想一日不变，新医事业一日不向上，卫生行政一日不能进展。」
大会上当时在场讨论了这一议题，除医学外行次长和两个参事抱有怀疑态度外，其馀人员更是满场一致通过。
值得一提的是，此次会议上没有一个中医人士参加。
随后在2月26号沪上《新闻报》首先将此事公之于众，几天后，余云岫主编的《社会医报》出版中央卫生委员会特刊公布。
此案一出，各界震动。
当时全国中医人士哗然而起，群情激愤。
无数南北中医世家，众多中医馆医师，或走上街头抗议，或来到报社前静坐。
有名的中医，还有社会各界人士，都开始陆续在报纸上为中医发声。
中医界开始在沪上《新闻报》丶《申报》丶《时事新报》上发表在沪上召开全国医药团体大会之通告丶通电。
这些报社也陆续发表社评，跟踪报导中医界抗议集会动向，并给予舆论支持。
有了舆论界之支持和响应，中医界举行的各种抗议集会及反对废止中医案的文电接连在各大报刊上发表，形成了声势浩大之舆论攻势。
当时，国民政府内部对中医存废问题意见并不统一。
其中以汪精卫丶褚民谊为代表之部分政要主张废止中医，而以谭延闓丶于右任丶林森丶陈果夫丶焦易堂等国民党政要，则主张保存中医。
中医界掀起的全国性抗争活动，引起了全社会的关注，也影响着社会安定与政府威信，刚刚统一全国之南京国民政府，不愿意因为一些无关紧要的事件而引起社会较大动荡。
加上支援中医界的人实在太多了。
于是，当中医界掀起大规模抗争后，出于政府统治稳定的考虑，国民党多数政要对西医界利用中央卫生会议废止中医案这一举动公开表达了不满。
至此，顺理成章，废止中医案以失败告终。
为庆祝这次胜利，从1929年起，3月17日被定为「中国国医节」。
国家成立了国医馆，WH市设立了分馆。
第二次，余云岫的计划，也就这样再次胎死腹中。
此事过后，余云岫又再次偃旗息鼓，他开始致力于中西医结合教育的改革，编写了一系列新型教材，他主张在保留中医精华的同时，吸收西医的科学方法。
这期间他培养了一批被他灌输思想的学生。
接着就是第三次，也是最有名的一次。
1950年8月，第一届全国卫生大会在首都中山堂隆重召开。
会议第三天上午，轮到余云岫发言，当时72岁的他站在主席台上，再次当着全国卫生工作者的面，提出了废除中医的议案。
一时间再次震惊全场。
他阐述了三点理由：第一，中医理论缺乏科学依据，阴阳五行学说属于封建迷信；第二，中医教育缺乏规范，师徒传承模式落后；第三，中医诊断方法主观性强，难以形成统一标准。
此言论一出，当即在会场引发轩然大波，一些西医当场表示认同。
而中医则是群情激愤，想起了这位前两次的「光荣历史」，实在是没想到这麽多年过去，他又蹦出来老调重弹了。
不过当时担任卫生部副部长的贺诚和王斌，对余云岫的提案表示了